L'any 1647 va morir el Magnífic Gaspar Agapit Llobet Nicolau, havent disposat en el testament que la Companyia de Jesús heretàs part dels seus béns, si es comprometia a fundar a Eivissa una residència de jesuïtes.

La Companyia acceptà el llegat i l'any 1653 vengué a l'illa el pare Miquel Messeguer per fer-se'n càrrec, en un moment en què l'escola de primeres lletres de la Universitat es trobava sense mestre. Dit pare es va oferir a atendre-la, entretant es demanava al provincial que enviàs un religiós "a propòsit per a aquest efecte".

El Consell General de la Universitat, en sessió de primer de maig de 1653, li concedí l'escola, preferint-lo al reverend Macià Daumas, que també la pretenia. Segurament els membres del Consell General, a l'hora d'elegir, es deixaren portar per la idea que amb els jesuïtes, capdavanters aleshores de l'ensenyament, s'haurien acabat els maldecaps que els donava el precari funcionament de les escoles.

Precisament quatre anys abans, el 13 de juny de 1649, un altre Consell General havia determinat corregir una situació escolar caracteritzada per l'existència de dues escoles públiques, aleshores denominades generals, que funcionaven amb força intermitències, i d'alguns mestres particulars als quals el Comú concedia ajudes econòmiques per compensar les deficiències de les seues pròpies escoles. Aquestes escoles eren la de primeres lletres, anomenada de l'Almudaina, i la de gramàtica o ensenyament secundari, radicada en el convent de Sant Vicent Ferrer.

Les mesures correctores consistiren a suprimir les ajudes als mestres privats per concentrar l'esforç educatiu en les dues escoles generals, i a advertir als mestres d'aquestes escoles que la inconstància en l'ensenyament comportaria retalls en les retribucions.

El mestre de l'escola de l'Almudaina, Antoni Llombard, va seguir descuidant l'ensenyament, fins que a darrers de l'any 1652 o principis del 1653 deixà definitivament l'escola per dedicar-se a altres activitats. Fou llavors quan l'entrada en escena del pare Messeguer pogué fer pensar en una solució definitiva dels problemes de dita escola.

Però poc temps després, el 6 de febrer de 1656, el jurat en cap, Magnífic Andreu Tur Joan, proposava als membres del Consell Secret de la Universitat que "atès que en virtut de determinació de Consell General que celebrat fou en primer de maig de 1653 es donà l'escola d'ensenyar de llegir i escriure i salari d'aquella al reverent pare Miquel Messeguer de la Companyia de Jesús, oferint-se aquell servir dit ministeri fins i tant lo molt reverend pare provincial de dita orde enviï un subjecte a propòsit per a dit efecte; lo qual fins avui, havent passat encirca de tres anys dit pare provincial de la Companyia de Jesús no ha curat enviar persona alguna ni dit reverend pare Miquel Messeguer haver fetes les diligències possibles; per lo que los fills de la terra s'estan perdent per no tenir qui els ensenyi... Que per ço tinguin per bé sia remogut dit reverent pare Miquel Messeguer de dita escola i salari d'aquella, despedint aquell d'ella".

L'exposició del jurat en cap deixa entendre que, durant la inútil espera del religiós que havia d'enviar el provincial per fer escola, el pare Messeguer tampoc es dedicava a l'ensenyament com pertocava. Malgrat això el Consell Secret rebutjà la proposta del Magnífic Andreu Tur per quatre vots contra dos i va prorrogar la confiança atorgada als jesuïtes. Però l'evidència del desinterès envers l'escola mostrat per la Companyia de Jesús degué acabar per fer inevitable la recerca d'un altre mestre, i fou designat el prevere Joan Tur Planells. La falta d'actes de la Universitat d'alguns d'aqueixos anys no permet conèixer les circumstàncies concretes de l'acabament d'aquest cicle de docència dels jesuïtes; però el 15 de juny de l'any 1660 el reverend Francesc Serra Cardona, mestre privat de gramàtica, es féu càrrec també de l'escola de primeres lletres de l'Almudaina, succeint ja no al pare Messeguer ni a cap altre jesuïta sinó al reverend Joan Tur Planells.

Així, mentre que els jesuïtes quedaven totalment desvinculats de l'activitat escolar eivissenca, el reverend Francesc Serra acumulava els càrrecs de mestre oficial de l'escola de llegir, escriure i comptar i de mestre privat de gramàtica, però retribuït per la Universitat; del qual es dedueix que tampoc els dominics no complien bé amb el seu compromís d'atendre l'ensenyament secundari i que les coses tornaven a seguir el mateix curs que abans de l'intent de reforma de 1649.

Vint-i-cinc anys després el jurat en cap Francesc Laudes Pineda, en sessió del Consell General celebrada el 12 de juny de 1685, lamentava "lo dany i detriment que es segueix als fills de tots los naturals de la present illa respecte de no haver-hi en ella bastants escoles i estudis..., de lo qual se segueix que d'avui a vuit o deu anys no hi haurà que sàpia, no tan solament gramàtica ni altre estudi, però ni menos llegir... Com de cada dia s'experimenta, van perdent-se tots los minyons que ja tenen edat competent per poder entrar en qualsevol aula de gramàtica, filosofia, etc., a causa de no haver-hi les referides escoles..."

La solució que el jurat en cap proposà i tots acceptaren fou recórrer a la Companyia de Jesús: "Per ço tinguen per bé que, en cas que los Magnífics Jurats poguessin facilitar amb los pares de la Companyia de Jesús que s'obligassin a sustentar totes les escoles que es necessiten, se'ls pugui pagar amb cent modins de sal..."

En aquell moment els jesuïtes ja havien consolidat la seua fundació eivissenca; i lògicament es podia esperar d'ells que, si acceptaven fer escola, s'hi dedicarien amb més interès que no havien demostrat en temps del pare Messeguer, quan encara temptejaven el terreny per establir-se a l'illa.

Immediatament els jurats escrigueren al pare provincial, exposant-li la resolució del Consell General i demanant-li la col·laboració de la Companyia. La resposta del provincial degué ser esperançadora, perquè en data 7 de setembre de 1685 li tornaven a escriure en aqueixos termes:

Recibimos la de vuestra reverencia de los 16 del pasado mes de julio con la estimación que debemos por ver en ella lo mucho que desea V.R. favorecer esta isla, viniendo bien a nuestra petición, de lo que esperamos muy buen éxito, siendo el único remedio para desterrar la ignorancia desta isla, como está desterrada de todas las ciudades del mundo que tienen la educación de los padres de la Compañía de Jesús.

L'últim dia de 1685, en una altra reunió del Consell General, es determinà fundar tres o quatre escoles i un internat o seminari, i encomanar-los als pares de la Companyia de Jesús.

El 21 de maig de 1686 la Universitat comprà a la Magnífica Antonina Arabí Riambau unes cases per fer-hi les aules de les escoles i establir-hi el seminari. Dites cases confinaven per llevant amb la residència dels jesuïtes, constituïda per la fusió de dues altres cases que abans havien sét de les Magnífiques Maria de Borja Llençol i Francesca Jover, respectivament.

En circumstàncies normals els jurats que tant havien treballat per fundar aqueixes escoles, haurien cessat en el càrrec el dia primer de juny de 1686, just acabant de comprar la casa on establir-les; però aquell any el Governador, Don Joan de Baiarte, va efectuar una nova insaculació, la qual, en acabar el mes de maig, encara no estava enllestida, i no es féu el sorteig dels nous càrrecs fins a darrers de juny. Per això els mateixos jurats que havien començat l'obra pogueren tenir la satisfacció de concloure-la quan el dia 17 de juny de 1686 "ajustaren, pactaren, convingueren i acordaren" amb el pare Josep Manxarell, superior de la casa de la Companyia de Jesús d'Eivissa, les condicions de la fundació; i el 23 del mateix mes presidiren la selecció dels col·legials que havien d'estar interns en el seminari. Francesc Laudes Pineda, jurat en cap, Basili Balansat Tur, jurat segon de mà major, Joan Ramon, jurat de mà mitjana, i Toni Ferrer, jurat de mà de fora, degueren resignar el càrrec amb la convicció d'haver deixat definitivament resolt el problema escolar d'Eivissa.

Segons les clàusules de l'acord establert entre la Universitat i la Companyia de Jesús, es crearen quatre escoles i un seminari o col·legi per a alumnes interns. De les quatre escoles una havia de ser de llegir, escriure i comptar o ensenyament primari; l'altra, de gramàtica o ensenyament secundari elemental; la tercera, de prosòdia o ensenyament secundari superior; i la quarta, de filosofia o iniciació als estudis universitaris. A l'internat o seminari, el qual es diria Col·legi de Sant Josep, s'hi hauria d'ingressar amb una edat d'entre vuit i onze anys i amb un nivell de preparació que permetés començar immediatament l'estudi de la gramàtica. La Universitat respondria del manteniment de dotze alumnes interns, els quals serien seleccionats pel superior de la residència dels jesuïtes amb el vist i plau dels jurats i podrien residir al seminari durant set anys. Quatre dels dotze col·legials havien de ser de l'estament de mà major; dos, del de mà mitjana; un, del grup de gent de la mar, i cinc, dels quartons de fora.

La inauguració de les escoles la protagonitzaren els dotze alumnes interns i els externs que se'ls volgueren afegir per començar el primer curs de gramàtica. L'escola de primeres lletres, encara que no es troben referències de la seua entrada en activitat, es pot pensar que es degué obrir al mateix temps que la de gramàtica. Les escoles de prosòdia i filosofia lògicament haurien d'esperar per obrir que la promoció dels que començaven l'estudi de la gramàtica hagués aprovat els cursos necessaris.

Però és molt possible que aquestes dues darreres escoles es quedassin per estrenar, perquè l'any 1690 els pares jesuïtes acomiadaren els col·legials interns i es varen desentendre del seminari, per discrepàncies amb la Universitat sobre la cobrança dels salaris estipulats. Al final del curs 1688-89 els jurats ja admetien que no s'havia pagat a la Companyia més que un deu per cent de tot el que se li devia per tres anys de docència. I el motiu era que la Universitat no tenia mitjans suficients per pagar les despeses de l'ensenyament. El dia 29 de maig de 1688 s'establiren nous acords econòmics en els quals els jesuïtes rebaixaven un poc les seues exigències; però es veu que tampoc així pogueren cobrar de forma satisfactòria i ja en el curs següent suprimiren l'internat.

D'aquesta clausura del seminari es seguí un plet entre la Companyia i la Universitat, perquè pareix ser que, a més d'haver-lo tancat contra el parer dels jurats, els jesuïtes haurien volgut seguir mantenint i cobrant les escoles només per a alumnes externs i la Universitat no estava disposada a continuar pagant-los, una volta suprimit el col·legi de Sant Josep.

La documentació de què es disposa reflecteix aquest plet, però sense deixar clar si realment els pares de la Companyia seguiren ensenyant a les escoles després de l'any 1690. Si de cas ho feren, va ser per poc temps, perquè en una sessió del Consell General celebrada el 28 de maig de 1699 dites escoles es consideraven també definitivament clausurades.

El 5 de juny de 1707, el jurat en cap de torn, en una sessió del Consell General, proposava que fos venuda en pública subhasta "la casa dita del Seminari, per quant avui està del tot derruïda i ser al present de moltes maneres difícil que es torni a fundar seminari per al qual efecte fou comprada dita casa". La proposta fou aprovada, però la subhasta no es dugué a terme. L'any 1717 la Universitat tornà a prendre la decisió de vendre la casa que era seminario, que está al lado de la casa de los Padres de la Compañía; i tampoc en aquesta ocasió se'n va arribar a desprendre. Fou el 18 d'octubre de l'any 1730 quan finalment s'efectuà la venda de dita casa; i l'adquiriren precisament els jesuïtes, amb una operació que més que compra va ser cobrament retardat de salaris que el Comú encara els devia de quan regiren les escoles i el seminari. El superior dels jesuïtes, en la seua proposta de compra, manifestava que como tenga (l'Ajuntament) unos solares ya abandonados contiguos a dicha casa (dels jesuïtes) y estarle debiendo aún más de lo que ellos puedan valer, suplica se sirvan transferir al suplicante el dominio de dichos solares, pues, estimados en lo que justamente valieren, lo recibirá en pago de la deuda hasta donde alcanzare. I en l'escriptura de venda es fa constar que por cuanto dichos solares estan valuados por el precio de 3.000 libras vellón, se manda que dicho precio se rebaje de los créditos que dicha casa tiene contra esta Universidad.

La Companyia de Jesús no va adquirir la casa per dedicar-la a cap mena d'activitat relacionada amb la docència, sinó per engrandir la residència i allotjar-hi dos pares més que s'havien d'ocupar únicament en tasques espirituals. I encara que l'Ajuntament la va transferir amb la condició que la companyia es comprometés en haber de dar sitios para fabricar aulas para la enseñanza de la juventud siempre que fuese menester o el Común se hallase en posibilidad para fabricarlas, de fet no consta que els pares jesuïtes (ni la seua residència) tenguessin res més a veure amb l'ensenyament durant el temps transcorregut entre la compra del seminari i la seua expulsió de l'illa i d'Espanya l'any 1767.

Els jesuïtes residiren a Eivissa per espai d'uns cent catorze anys, i a fer escola no n'hi dedicaren gaire més de set o vuit, repartits en dues etapes. D'aqueixa breu activitat docent, realitzada al segle XVII, segurament se n'hauria perdut el record, si en la que havia sét residència de la Companyia de Jesús, el bisbe Climent Llocer no hi hagués obert l'any 1802 les escoles del nou Seminari diocesà. Aquesta represa de l'activitat escolar en la mateixa seu de l'antic seminari de Sant Josep, possiblement va influir perquè s'anàs difuminant la noció de les distàncies i s'arribàs a pensar que aquell seminari jesuític del segle XVII i el seminari episcopal del segle XIX eren una mateixa institució, que senzillament hauria tengut un breu parèntesi d'inactivitat quan fou expulsada la Companyia de Jesús i mentre es tramitava el seu traspàs a l'autoritat eclesiàstica diocesana.

Així ho creia el reverend Juan de Dios Carrasco López, vicari general del bisbe Basilio Antonio Carrasco Hernando, quan l'any 1851, en el pròleg que escrigué en el primer reglament del Seminari Conciliar, sota el títol de Breve reseña del Seminario Conciliar de la Ciudad de Ibiza, afirmava que son escasas las noticias que tenemos del establecimiento y vicisitudes del Seminario Conciliar de esta Ciudad e Isla de Ibiza, no obstante, según los documentos que obran en la secretaría de su Obispado, es bién constante y cierto que fué erigido en tal Seminario y Casa de Estudios el dia 17 del mes de junio del año 1688... Vino a decaer el Seminario cuando, a impulsos de la revolución, en 1767 sucedió en España la expulsión general de los jesuitas.

L'opinió del prevere Carrasco s'ha prolongat fins als nostres dies, assumida pels qui s'han anat interessant per aquests temes.